En total, cinco generales; un vicealmirante; seis coroneles; dos teniente coroneles; un mayor; tres capitanes y dos sargentos constituyen el grupo de detenidos por el caso Zúñiga. El único civil resultó ser el supuesto ideólogo del movimiento militar, Anibal Aguilar, de acuerdo con los datos recopilados hasta el momento.
Entre viernes, sábado y domingo se realizaron tres audiencias cautelares que derivaron en 10 detenidos preventivos y 11 detenidos domiciliarios. El ministro de Gobierno, Carlos Eduardo del Castillo dijo que apelaron el fallo de las detenciones domiciliarias a los que considera como ilegales.
Los generales que estarán detenidos en el penal de Chonchocoro son: Juan M.P.S., exinspector General del Ejército; Franz L.O.M., exjefe de Operaciones del Ejército. Se debe sumar al segundo protagonista el vicealmirante, Juan Arnez Salvador, excomandante de la Armada. El cabecilla, Juan José Zúñiga Macías, excomandante de Ejército, fue trasladado al penal de El Abra en Cochabamba.
Mientras que los generales, Julio O.B.S., exjefe de Inteligencia del Ejército y Marcelo Zegarra Gutiérrez, excomandante de la Fuerza Aérea gozan de detención domiciliaria.
En cuanto a los coroneles, Edison A.I.C., excomandante de la brigada mecanizada del Ejército y Marcelo F.G.F., segundo comandante de la Policía Militar, fueron trasladados a Chonchocoro. Otros cuatro coroneles, Miguel F.I.S., excomandante de Inteligencia; Luis D.B.G., exjefe de personal; Roberto O.A.R., excomandante del regimiento Colorados; y Roman W.C.C., exayudante General del Comando General del Ejército, fueron beneficiados con la detención domiciliaria.
En cuanto a los rangos medios, el teniente coronel Raúl B.M., excomandante de la Policía Militar, fue enviado a Chonchocoro; mientras que su camarada, Juan C.D.G., excomandante del regimiento de infantería, Ayacucho tiene detención domiciliaria. Lo mismo que el mayor Leonel E.S.V, excomandante de la compañía de Inteligencia.
De los tres tres capitanes envueltos en el conflicto, Waldir M.H., que era oficial de Inteligencia; y Marco M.C.C., exayudante de Órdenes tienen detención domiciliaria; mientras que el capitán Miguel A.B.D., seguridad personal de Zuñiga, fue derivado a Chonchocoro.
De acuerdo con los datos de la investigación, hay otras nueve órdenes de aprehensión al margen de cinco prófugos. El ministro de Gobierno habló de “mucha gente” involucrada en la revuelta del 26 de junio.